A realização da análise microscópica   é parte fundamental do estudo anatomo-patológico ou citológico.   Na rotina da microscopia usamos as colorações de h&e (hematoxilina e eosina) ou Papanicolau para visualizarmos, com o uso de microscópio óptico, padrões de tecidos, estruturas do organismo ou células. Podemos, com isto, definir processos patológicos (inflamatórios; neoplásicos, etc.) ou constatar a normalidade dos tecidos ou células em estudo. Podemos também, identificar micro-organismos que podem ser causa de doenças nestes tecidos. Na microscopia podemos fazer uso, além das colorações de rotina, das chamadas "colorações especiais" (giemsa; pas; tricromico de masson; ziehl-nielssen; grocot) que nos ajudam a identificar com mais especificidade, estruturas microscópicas. A microscopia é a parte final do processo de diagnóstico quando então o patologista faz a integração de todas as informações pertinentes ao caso em questão (informações clínicas; de imagem; da Macroscopia) e chega a sua conclusão diagnóstica.